Progetto POR FESR
Bioinformatica per FMT


Il 20 dicembre 2020 EuBiome ha vinto un finanziamento per realizzare un progetto sul trapianto di microbiota (FMT) con approccio basato su bioinformatica e intelligenza artificiale.


POR FESR

Il bando regionale è il POR FESR 2014-2020 Azione 1.1.1, per il sostegno a progetti di ricerca che prevedono l’impiego di ricercatori

Il titolo del progetto è "Bioinformatica per FMT" del valore di € 172.344,00, con un contributo di € 120.640,80.

Grazie a questo finanziamento EuBiome può assumere tre ricercatori.

Bioinformatica per FMT

Il progetto

OBIETTIVI
Il progetto mira a sviluppare pipeline di analisi bioinformatica, in grado di rilevare la presenza di patogeni e di geni resistenza a partire da dati di sequenziamento del DNA prodotti con tecnologia Next Generation Sequencing (NGS).
Inoltre mira a sviluppare algoritmi in grado di identificare il miglior match tra donatore e ricevente. 

CONTESTO
Il trapianto fecale di microbiota (FMT) è una procedura in cui le feci di un donatore vengono introdotte nell'intestino di un altro organismo.

L'essenza è che le feci del donatore contengono un mix di microorganismi in grado di svolgere un set di funzionalità che possono essere trasferite da un organismo all'altro.
Il trapianto si usa a scopo di cura e di miglioramento del benessere dell'organismo.
Si tratta di una pratica antica (la prima testimonianza scritta risale al 400) e sicura.

Sono in corso oltre 200 trial clinici per valutarne gli effetti in vari tipi di malattie, e ci sono molti progetti in ambito veterinario, che mirano ad introdurre il trapianto di microbiota a scopo curativo, profilattico e immunostimolante specifico.

Attualmente ci sono due problemi comuni a tutti i tipi di trapianti, che sia in ambito umano o veterinario, qualsiasi sia lo scopo:1) la ricerca del miglior donatore per lo specifico ricevente e/o malattia
2) il pericolo di trasferire potenziali patogeni e in particolare i cosiddetti “super bug”, batteri resistenti a tutti gli antibiotici.

RISULTATI DEL PROGETTO (Marzo 2022)

EuBiome è diventata una banca fecale operativa partendo dal nulla. Ha immesso sul mercato il primo kit per il trapianto fecale in capsule orali per cani e gatti a fine 2020: Kit Pet FMT. Il finanziamento ha consentito l’assunzione di tre ricercatori, di cui due sono in staff permanente con contratto a tempo indeterminato. Sono stati sviluppati know-how, procedure e software fondamentali per la gestione del processo di selezione del donatore alla base del Kit Pet FMT, per la produzione di capsule fecali con materiale sicuro e controllato per il trapianto, e per la comprensione delle dinamiche donatore-ricevente associate al trapianto. Nello specifico abbiamo sviluppato un software per l’identificazione delle resistenze nel dato metagenomico e la valutazione del rischio di trasmettere resistenze con il trapianto, e abbiamo creato un report di trapianto, che in modo semplice aiuta a comprendere se il trapianto ha migliorato la configurazione del microbioma del ricevente; inoltre sono state messe le basi per ulteriori sviluppi di strumenti utili alla personalizzazione del trapianto in base al ricevente.

A oggi, grazie anche al progetto finanziato dalla Regione Veneto, EuBiome è l’unica azienda a offrire il trapianto fecale in capsule per cani e gatti enteropatici in Europa, e ha accumulato un patrimonio prezioso in termini di know-how, dati di microbioma e di trapianto fecale (DB Pet FMT), e campioni di DNA (Banca DNA Pet FMT), che mettiamo a disposizione di potenziali partner interessati, in ottica di open innovation.